La procédure de codécision a été introduite par le traité sur l'Union européenne. Alors que dans la procédure de coopération le Conseil peut passer outre l'avis rendu par le Parlement, cela n'est pas le cas dans la procédure de codécision.
À défaut d'accord entre les deux institutions, un comité de conciliation composé de représentants du Conseil et du Parlement est mis en place. Si la conciliation ne permet toujours pas de parvenir à un accord, l'acte ne peut pas être arrêté.
La procédure de codécision met donc le Parlement européen et le Conseil sur un pied d'égalité en ce qui concerne leurs droits législatifs. La procédure de codécision est la principale procédure appliquée dans le processus législatif au sein du premier pilier.
Dans la pratique législative, la procédure de codécision est de loin la plus importante.

Elle trouve application dans les domaines suivants:
- Discrimination en raison de la nationalité (article 12)
- Discrimination fondée sur le sexe, la race ou l’origine ethnique, la religion ou les convictions, un handicap, l’âge ou
- l’orientation sexuelle (article 13 § 2)
- Droit de circulation et de séjour (article 18 § 2)
- Libre circulation des travailleurs (article 40)
- Sécurité sociale des travailleurs migrants (article 42)
- Liberté d’établissement (article 44 § 1, article 46 § 2, article 47 3 1 et 2)
- Visa, asyle, immigration et autres politiques liées à la libre circulation des personnes (article 67 § 4 et 5)
- Transports (article 71 § 1, article 80)
- Marché intérieur (article 95)
- Emploi (article 129)
- Coopération douanière (article 135)
- Politique sociale (article 137 § 2)
- Principe d’égalité et traitement égal (article 141 § 3)
- Décisions d’application relatives au Fonds social européen (article 148)
- Éducation (article 149 § 4)
- Culture (à l’exception des recommandations) (article 151 § 5)
- Santé publique (article 152 § 4)
- Protection des consommateurs (article 153 § 4)
- Réseaux transeuropéens (article 156)
- Industrie (article 157 § 3)
- Cohésion économique et sociale (article 159)
- Fonds européen de développement régional (article 162)
- Recherche et développement technologique (article 166 § 1, article 172)
- Formation professionnelle (article 150 § 4)
- Protection de l’environnement (article 175 § 1 et 3)
- Coopération au développement (article 179 § 1)
- Partis politiques au niveau européen (article 191)
- Accès aux documents des institutions (article 255 § 2)
- Fraude (article 280)
- Statistiques (article 285)
- Organe indépendant de contrôle de la protection des données (article 286)