Le Conseil est le principal organe législatif. Toutefois dans le cadre des compétences communautaires (premier pilier du traité UE), le Conseil partage cette fonction avec la Commission européenne, dotée du droit d'initiative, et le Parlement européen qui peut participer sous différentes formes au processus de décision.
Dans les domaines des deuxième et troisième piliers (politique étrangère et de sécurité commune et coopération policière et judiciaire), par contre, le Conseil exerce presque seul, sous la forme de la coopération intergouvernementale, les pouvoirs législatif et exécutif. Les compétences de la Commission et du Parlement européen sont moins étendues dans ces domaines.
Le Conseil partage l'autorité budgétaire avec le Parlement européen, dispose de compétences exécutives et de contrôle, en particulier vis-à-vis de la Commission, et est le principal organe responsable des relations extérieures de l'UE. Il lui appartient en effet de conclure des accords avec les pays tiers et les organisations internationales et de décider de l'adhésion de nouveaux membres, après avoir reçu l'approbation du Parlement européen. Avec le Conseil européen, il joue également un rôle déterminant dans la définition de la politique étrangère et de sécurité commune (PESC), ainsi que dans la représentation de l'UE vis-à-vis des États tiers en ce qui concerne cette politique.
Le Conseil est composé des représentants des États membres au niveau ministériel (un représentant par État) habilités à négocier dans une certaine matière. Les secrétaires d'État, ainsi que les représentants des entités fédérées, dans le cas d'États fédéraux, peuvent également représenter leur gouvernement au Conseil, pour autant qu'ils soient autorisés à s'engager au nom de l'État dans son ensemble.
Le Conseil se réunit en différentes formations. Comparée aux huit autres formations (p. ex Agriculture, Environnement, Transport, etc.), la formation "Affaires générales et relations extérieures" a en outre un rôle de coordination et d'impulsion.
La présidence du Conseil est assurée par les États membres pour une période de six mois, selon un système de rotation. La fonction de présidence n'est pas limitée au Conseil, dans ses différentes formations, mais également exercée dans les comités et groupes de travail soutenant les travaux du Conseil, ainsi que lors des Conseils européens. Le président du Conseil est également chargé de convoquer les réunions du Conseil, d'établir l'ordre du jour des réunions, de signer les actes juridiques, et d'assurer les relations avec le Parlement européen et la représentation du Conseil à l'extérieur.
Le Conseil est soutenu par le secrétariat général, sous la direction du secrétaire général et haut représentant pour la politique étrangère et de sécurité commune, actuellement Javier Solana.
Le travail du Conseil est préparé par le Comité des représentants permanents (COREPER) des États membres qui, de son côté, est soutenu par de nombreux groupes de travail composés de représentants des administrations nationales.
